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比如说，你现在正犹豫不决，不知道该要一份奶酪三明治还是要一份菠萝三明治。这是不是说你的神经原也在犹豫不决，不知道要什么好？当然不是。你打不定主意要什么样的三明治，这是一种高层面的状态，而这种状态完全是以成千上万的神经原按非常有条理的方式有效地工作为先决条件的。⑧
用一个类比就是，一部说得过去的小说是由一系列语法构造组成的，而这些语法构造又是符合语言以及表现方式中相当严格的逻辑规则的。然而，这并不妨碍小说中的人物恋爱或大笑，或以一种完全不守规矩的方式行动。假如说这本书是由逻辑的字词构造而成的，所以这故事必得是严格符合逻辑规则的，这样说就是荒谬的，因为这是把两个不同的层面搞混了。麦克埃在探讨神经活动与精神活动的时候，也强调了要避免层面混淆的重要性：“同一个情况或许得有两种或两种以上的解释，而且每一种解释在自己的逻辑层面上都是完整的。这话听起来抽象难解，但正如我们已经看到的那样，其实是可以用无数的例子来加以说明的。”麦克埃在讨论描述层面的问题时，举了由闪亮的灯光组成的广告为例。广告的图像文字完全可以用电路理论来解释描述，但麦克埃指出，还有一个与之互补的描述，即商业信息：“假如给以正确的区分，二者（两种描述）就不会矛盾，反而互补，就是说，每一种描述都揭示了应当重视的一面，而这一面是在另一种描述中没有提到的。”
精神也与此类似：
戴拉·德夏尔丹之流的作家宣扬说，假如人是有意识的，那么，在原子中就必定有一些意识的踪迹。这种说法是相当缺乏理性的基础的。…意识与物质粒子不同。对物质粒子的行为，我们可以争论出个不承认也不行的结果。但对意识，我们就不能指望有这样的争论结果。⑨
用更为现代的用语来说，精神是“整体性的”。
上述的一切，当然都不排除人造精神、思想机器等等的可能性。奇怪的是，很多人乐于承认他们的爱畜有智慧，但一想到计算机会有智慧就心惊肉跳。或许，这是一种自我中心的反应，觉得哪一天计算机有了比我们的智力还强的精神，是对我们的威胁。或许，这是一个更为微妙的问题。
对精神和肉体进行两个层面（或多个层里）的描述，这比起原先的二元论（精神和肉体分属两种不同的实在）和唯物论（精神不存在）是很大的进步。多层面描述如今是一门哲学。随着认知科学，如人工智能、计算科学、语言学、控制论、心理学等等的出现，多层面描述也迅速流行开来。上述的学科都涉及信息处理系统。信息处理系统可能是人，也可能是机器，可以用这种方式处理信息，也可以用那种方式处理信息。与计算机有关的语言和概念的提出，如硬件和软件的区分之类，为了解思想和意识的本质开辟了新的途径。于是，科学家们在思考精神问题时，不得不比以往更加不含糊。
与这些科学进展同样重要的是，一种关于精神的新哲学出现了。这种哲学与上面所说的那些观点密切相关，被人们称作机能主义。机能主义者认识到，精神的本质要素不是硬件（不是构成大脑的物质，也不是大脑所利用的物质作用），而是软件，是大脑物质的组织，或说是其“程序”。机能主义者并不否认，大脑是一台机器，神经原纯粹是按照电路原理工作的，大脑中的物质作用并没有精神的原因。但他们仍是认为，大脑的各种精神状态之间是有因果关系的。粗略地说就是，思想引发思想，尽管在硬件层面上。因果关系早就固定了。
大多数计算机程序编制人员理所当然地认为，硬件层面和软件层面的因果关系没有可比性。他们会异口同声地说：“计算机是由一些电路组成的，它能干什么事是由电学定律规定的。它的输出，是它走过事先规定好的电路的自然结果”。说完这样的话后，他们就会谈论计算机解方程，作比较，作决策，根据信息过程得出结论，例如进行推理。这样，我们就可以有两种不同层面的因果关系，即硬件和软件，而与此同时，我们也不必追究软件如何作用于硬件。精神如何作用于肉体这个古老的话题，于是便可以看作是概念层面混淆造成的。我们从不会问这样的问题：“计算机程序如何使计算机电路解方程”？同样，我们也不必问思想如何开动神经原去产生肉体反应。
机能主义对宗教意味着什么呢？
机能主义似乎类似双刃剑。一方面，机能主义否认精神是人类独有的，声称机器也能思想，有感觉，至少原则上如此。而传统的观念则认为，上帝将灵魂赋予人，于是机能主义与传统的宗教观念难以相容。另一方面，机能主义把精神从人的肉体这一牢笼中解放出来，从而使永生的问题成为悬而不决的了：
对精神进行软件层面的描述，从逻辑上说不需要神经原…这种描述为离体的精神存在留下了余地…机能主义并不排除有可能（不管这可能性多么微小）存在一种机械的灵气系统，这种系统具有精神状态和作用。⑩
机能主义一举解决了关于灵魂的大部分传统问题。灵魂是由什么材料构成的？这样的问题是无意义的，其无意义就象是问公民权或星期三是由什么材料构成的。灵魂是一整体概念，根本不是由什么材料构成的。
灵魂在哪里呢？哪里也不在。以为灵魂在一个什么位置，就象是想找出数字7在什么位置，或贝多芬交响乐在什么位置一样，都是理解错误。象灵魂、数字这样的概念在空间里是找不到的。
时间与灵魂的问题又如何呢？某种东西，只在时间中存在，却不在空间中存在，有这样的事吗？
这个问题更难捉摸。我们常说失业率升高，时尚发生变化，意思是说这些事物依存于时间，却不能固定在某一位置上，不因此而有意义。同样，也完全可以说，精神依存于时间，却在空间里找不到。
因而，我们可以说，那种认为精神不过是大脑细胞的活动而已的看法是错误的，因为持这种看法就是陷入了还原论的泥坑。不过，精神的存在似乎的确是仰仗着大脑细胞的活动的。于是，问题就来了：离体的精神能够存在吗？可以再打一个类比，一部小说是由字词组成的，但小说也完全可以以声音的形式储存到磁带上，或译为密码用穿孔机打在卡片上，或变成数字存到计算机里。大脑死亡之后，精神能够转移到另一个机制或系统里，继续活下去吗？显然，这在原则上是可能的。
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